正文

ATAC-seq

        ATAC-seq 是通过使用高通量测序对转座酶可接近性核染色质区域进行分析(Assay for Transposase-Accessible Chromatin with high throughput sequencing)的一种创新表观遗传学研究技术。该技术通过转座酶对某种特定时空下开放的核染色质区域进行切割,进而获得在该特定时空下基因组中所有活跃转录的调控序列。

    真核细胞通过将基因组DNA与组蛋白进行不同层次的折叠组装成染色质,这些精密组装信息在基因转录调控中起决定性作用。染色质区域的可接近性是特异性反式作用因子和顺式调控元件相互作用的前提,基因表达的异常或者染色质调控因子的改变都将对细胞的命运产生深远的影响,进而导致各种疾病的发生、发展。目前该技术已被广泛应用于转录调控序列的鉴定。ATAC-seq技术可运用于所有真核细胞重编程的研究,在医学领域是重大疾病发病机制、药物作用机制、新药研发和生物标志物功能等研究的新一代有利工具。


技术路线

 

ATAC

 

技术参数

产品

策略

推荐数据量

周期

ATAC-seq

Hiseq PE150

30M Reads

45

 

样本要求

1. 制备至少含有1×105个细胞的细胞沉淀(推荐2.0×106个细胞),并在样品表上注明总细胞数量。

2. 用磷酸缓冲液(PBS)将离心细胞沉淀洗涤至少一次(推荐三次),并将细胞沉淀置于1 mL小瓶或管中。

3. 加入相应的细胞冻存液将细胞沉淀物冻存。

4. 为避免运输过程中的破碎,我们强烈建议将样品管放在一个维持器中,如一个50 mL的管子或一个带有内部支架/支架的箱子。棉絮和吸水纸可用于固定支架保持管不移动。

5. 对于细胞沉淀样品,我们建议使用1.5 mL2 mL螺旋盖微量离心管。包装前请使用Parafilm密封每个管。

6. 请用干冰运输样品到本平台,不超过48 h

7. 样品保存期间切忌反复冻融。

 

常见问答

1. Q:什么是ATAC-seq

    AATAC-seq是通过高通量测序对易接近转座酶的核染色质进行分析(Aaaay for Transposase-Accessible Chromatin with high throughput sequencing)的一种方法。该方法只需要很少的细胞就能鉴定基因组中的所有活跃的调控序列,通过转座酶可优先标记和测核小体之间的DNA序列。

2. QATAC-seq有哪些优势?

    A:目前在基因组范围内染色质可接近性的研究方法很多,例如MNase-seq, FAIRE-seqDNase-seq,这些方法可以帮助我们在大量的细胞系和组织样本中鉴定出转录因子的结合位点、转录活性开始的位置、核小体和核小体修饰、增强子和绝缘子。尽管如此,目前研究染色质可接近性、核小体定位、转录因子占位或者染色质生物学状态高级的注释方法一般都涉及多个试验流程,操作复杂,并且需要数万个细胞作为研究部样本,样本准备过程非常繁琐,并且最终得到细胞群体的平均结果。样本量需求如此之大,使得我们没办法用这些方法研究罕见的细胞亚群。

ATAC-seq通过Tn5转座酶将测序的adapters插入到基因组上的可接近区域来标记调控的区域。这种转座酶可接近性染色质的研究方法(assay of transposase accessible chromatin, ATAC-seq)可以最少只利用大约500个细胞就可以快速的得到调控的多维信息,比其他方法要节省大约35个数量级的细胞。并且由于ATAC-seq的实验流程中没有片段选择的步骤,所以这种方法可以同时获得开放染色质的位置、转录因子的结合位点、核小体的调控区域和染色质状态等信息。

3. QATAC-seq测序策略?

    A:我们推荐采用PE15030M reads