LncRNA测序

    长链非编码RNALong non-coding RNAlncRNAs)是一类长度大于200 nt并且不编码蛋白质的RNA,广泛存在于生物体内。LncRNA参与表观遗传、转录及转录后等多水平调控,与个体的生命活动和人类疾病发生有密切联系。LncRNA测序通过高通量测序以及生物信息学分析,对样品中lncRNAmRNA进行全面的研究,在医学、农学等领域有广泛研究。


技术路线

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技术参数

产品

策略

推荐数据量

周期

LncRNA测序

Hiseq PE150

≥12G

60

 

样品要求

1. RNA:完整且无污染的RNA样品,总RNA ≥ 2 μg(单次200 ng),OD260/OD2801.8~2.0之间,OD260/OD230 大于1.8RIN ≥ 7,电泳检测28S:18 S ≥ 1.5 样品切忌反复冻融,用封口膜将样品管密封,防止污染,用干冰运输到实验室。

2. 组织样品:动物、植物、微生物总量大于300 mg的新鲜样品(植物材料应尽量选取幼嫩部位)。采样后将样品立即用TRIZOL或液氮速冻,分装保存于-80℃(保存期不超过一个月)。请用干冰运输样品,各样品用封口膜将管口密封好并标记,防止出现污染。

3. 细胞样品:细胞个数≥ 1×107个。先使用TRIZOL试剂进行处理样品:每0.25 mL样品(5~10×106个细胞)加入0.75 mL TRIZOL试剂(可参考TRIZOL试剂说明书),分装保存于-80℃(保存期不超过一个月),用干冰运输样品,且各样品用封口膜将管口密封好并标记,防止出现污染。

 

常见问答

1. Q:什么是LncRNA测序?

    ALncRNA是一类长度超过200 nt的不编码蛋白质的长链RNA,可影响周边基因的表达,调控蛋白质活动和定位,能产生小分子RNA以及对其他RNA产生调控作用。LncRNA测序是研究已有参考基因组物种的特定组织或细胞在某个特定时期转录出的所有LncRNAmRNA

2. QLncRNA的建库方案是什么?

    A:主要采取的策略是ribozero kit去除rRNA,并构建链特异性文库。部分long non-coding RNA没有poly(A),所以不能用oligo d(T)标记磁珠进行富集,故而选择ribozero kit去除rRNA。链特异性文库能在测序过程中保存RNA方向信息,从而确定转录本来自于正义链还是反义链,以便更加准确地获得基因的结构及表达信息。

3. QRibozero kit去除rRNA效果受哪些因素影响?

    ArRNA去除效果和物种rRNA与试剂盒中探针的匹配程度有很大关系,所以会根据不同的物种选择不同的ribozero kit进行rRNA的去除。若rRNA去除效果不好,则需要加大测序数据量以达到要求的clean data

4. QLncRNA测序的必备条件。

    A:进行LncRNA测序的物种需要有参考基因组,并且有LncRNA注释信息。