CircRNA测序

       CircRNACircular RNAs)是一类不具有5’末端帽子和3’poly (A)尾巴,以共价键形成环状结构的非编码RNA分子。CircRNA在生物体内广泛存在,与线性RNA相比,稳定性更高,并且参与生物体内多种调控过程。CircRNA的多种特性使得circRNA在疾病研究、临床诊断以及生物的生化发育研究中具有广泛应用,现已成为RNA研究领域的新热点。


技术路线 

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技术参数

产品

策略

推荐数据量

周期

CircRNA测序

Hiseq PE150

8G

60

 

样品要求

1. RNA:完整且无污染的RNA样品,总RNA ≥ 3 μg(单次1 ug),OD260/OD2801.8~2.0之间,OD260/OD230 ≥ 1.8RIN ≥ 728S:18S ≥ 1.5。样品切忌反复冻融,用封口膜将样品管密封,防止污染,用干冰运输到实验室。

2. 组织样品:动物、植物、微生物总量大于0.5g的新鲜样品(植物材料应尽量选取幼嫩部位)。采样后将样品立即用TRIZOL或液氮速冻,分装保存于-80℃(保存期不超过一个月)。请用干冰运输样品,各样品用封口膜将管口密封好并标记,防止出现污染。

3. 细胞样品:细胞个数≥ 1×107个。先使用TRIZOL试剂进行处理样品:每0.25 mL样品(5~10×106个细胞)加入0.75 mL TRIZOL试剂(可参考试剂说明书),分装保存于-80℃(保存期不超过一个月)用干冰运输样品,且各样品用封口膜将管口密封好并标记,防止出现污染。

 

常见问答

1. QCircRNA的特点。

    ACircRNA是一类环状的非编码RNA,多存在于细胞质中,外显子circRNA的量约占所有非核糖体RNA0.8%。不同细胞表达不同的circRNA,可在细胞或者组织中稳定存在,其序列高度保守。大部分circRNAncRNA

2. Q是否使用RNase R去除线性RNA各有什么优缺点?

    A:不去除线性RNA,优点在于可减少在RNase R消化过程中的实验消耗,可同时研究mRNAlncRNAcircRNA;缺点在于只能研究部分高表达的circRNA,测序过程中所需的测序数据量较高,准确度较差;

使用RNase R去除线性RNA,其优点在于circRNA检出量高,鉴定准确度高;缺点在于消除线性RNA后,mRNAlncRNAcircRNA表达水平将无法研究。

3. Q无参考基因组能否做circRNA测序?

    ACircRNA预测时,测序clean reads需要与参考基因组比对,得到准确的成环剪接位点;没有参考基因组可能由于拼接错误等造成circRNA预测不准确,从而影响分析结果的准确性。

4. QCircRNA测序和全转录组测序的差异。

    A:两者都可以得到circRNA序列信息。全转录组测序的研究对象是转录出来的所有RNA总和,包括mRNAlncRNAcircRNAmicroRNA。全转录组测序除可进行circRNA的标准分析和高级分析外,还可以进行不同种RNA之间的互作网络调控分析,但所获得的circRNA类型比较少。CircRNA测序只能获得circRNA的信息,但相较全转录组测序,能得到更多的circRNA类型,进而能对其类型和剪接模式有更细致深入的研究。