正文

动植物重测序

全基因组重测序是对已知基因组序列的物种进行不同个体的基因组测序,并在此基础上对个体或群体进行差异性分析。将不同梯度插入片段(Insert-Size)的测序文库结合短序列(Short-Reads)、双末端(Paired-End)进行测序,通过序列比对,可以找到大量的单核苷酸多态性位点(SNP),插入缺失位点(InDelInsertion/Deletion)、结构变异位点(SVStructure Variation)和拷贝数变异位点(CNVcopy number variation)。可以协助客户,通过生物信息手段,分析不同个体基因组间的结构差异,同时完成注释,实现遗传进化分析及重要性状候选基因预测。

 

技术路线

 

                                         111

 

技术参数

产品服务

测序平台

参数指标

周期

全基因组重测序

Hiseq PE150

平均有效测序深度  30X

45

 

样品要求

1. DNA样品:请提供浓度>20 ng/μl,总量>1 μgDNA(单次建库50 ng),OD 260/2801.8~2.0之间,并确保DNA无降解,电泳检测无明显RNA条带,基因组条带清晰、完整,主带应在100 kb以上。若样品中有多糖、糖蛋白的残留,对打断DNA样品带来非常大的困难,且很难去除,因此特别要求所提供的样品不要有多糖或糖蛋白污染。

2. 植物样品:选取植物幼嫩组织,每个样品重量>500 mg,干冰或液氮保存寄送。
3. 动物样品:要求新鲜动物组织,避免脂肪组织,每个样品重量>50 mg。对于一般物种应挑选肝脏、肾脏、血液等组织取样,对于珍贵物种请提供耳样、毛发(带毛根)等脂肪含量较少的组织进行取样。为了减少个体差异对后续拼接产生的影响,尽量从同一个个体中取样。若物种体积较小,从一个个体中提取的DNA量不能满足测序实验所需,在保证量的前提下,应尽量减少采样个体的数量。提供组织样品应>50 mg,尽量提供较多量,不同的物种DNA提取产量有差异。

4. 样品运输:送样管务必标清样品编号,管口使用Parafilm膜密封,样品请用干冰或者冰袋运输。干冰运输时间不要超过48小时;冰袋运输,时间最好不要超过24小时。样品保存期间切忌反复冻融。

 

常见问答

1. Q:动植物全基因组重测序需要多少覆盖深度?

A:重测序的覆盖深度是由所测物种的类型及项目的具体需求决定的。例如,采用Illumina进行人类基因组重测序,如要获得绝大多数的变异信息,一般建议覆盖深度需达30×以上。

2. Q:动物基因组测序对样品取样有什么特殊要求?

A:样品提取应选用肌肉、血液等脂肪含量较少的部位,并尽量选用同一个体进行取样。如果物种体积较小,单个个体所提取的 DNA 量不足一次测序反应,在保证量的情况下,应当尽量减少物种的个数,以减少个体差异性对后续拼接的影响。样品建议采用纯合体材料。

3. Q:动植物全基因组重测序应用在哪些方面?

Aa) 变异检测:通过对已有参考基因组物种不同个体进行基因组测序及差异性分析,获得大量的遗传变异信息,并建立遗传多态性数据库,为后续功能基因挖掘提供理论基础。

b) 群体进化分析:获得各亚群的基因组信息,通过与参考基因组比对,得到大量的SNPInDelSV等变异信息,讨论群体遗传机构、平衡及物种形成机制等。

c)遗传图谱构建:通过计算多态性标记间的遗传连锁距离,绘制高密度的遗传图谱。通过与表型性性状进行关联性分析,利用获得的强关联性标记进行下游基因的精细定位。