OmiScope Colorectal Cancer

奥明靶向：结直肠癌基因检测

结直肠癌的精准诊疗

结直肠癌是胃肠道中常见的恶性肿瘤，随着EGFR、KRAS、NRAS等基因检测手段的发展，结直肠癌已经进入分子诊断和治疗的时代。结直肠癌的“精准医学”就是在癌症基因组测序和信息分析基础上，解析结直肠癌发生、发展、侵袭、转移和复发的机制，有针对性地实施个性化治疗。

OmiScope Colorectal Cancer

OmiScope Colorectal Cancer是奥明医学针对结直肠癌个性化诊疗开发的基因检测系列产品，涵盖35个结直肠癌靶向用药基因和23个化疗药物相关基因，检测全面，解读专业，可辅助临床医生制定个性化用药方案，实现精准治疗。

靶向用药基因

化疗用药基因

检测的突变类型

产品优势

适用人群

• 需要进行靶向治疗、化疗的结直肠癌患者

• 无法手术、穿刺不耐受或无法获得足够组织样本的结直肠癌患者

• 治疗过程中出现复发、耐药或转移的结直肠癌患者

• 经过手术和治疗，需持续实时监控肿瘤进展的结直肠癌患者

样本要求

检测流程

OmiScope Breast Cancer

奥明靶向：乳腺癌基因检测

乳腺癌的精准诊疗

乳腺癌是女性最常见的癌症类型，随着医疗发展进入精准医疗时代，乳腺癌的治疗更强调“精准性”和“个性化”，通过对HER2、CDK4等乳腺癌相关基因以及化疗药物基因变异情况的检测，能协助医生为患者选择合适的靶向药物和化疗药物，制定个性化综合治疗方案，提高乳腺癌的治疗效果。

OmiScope Breast Cancer

OmiScope Breast Cancer是奥明医学针对乳腺癌个性化诊疗开发的基因检测系列产品，涵盖27个乳腺癌靶向用药基因和23个化疗药物相关基因，检测全面，解读专业，可辅助临床医生制定个性化用药方案，实现精准治疗。

靶向用药基因

化疗用药基因

检测的突变类型

产品优势

适用人群

• 需要进行靶向治疗、化疗的乳腺癌患者

• 无法手术、穿刺不耐受或无法获得足够组织样本的乳腺癌患者

• 治疗过程中出现复发、耐药或转移的乳腺癌患者

• 经过手术和治疗，需持续实时监控肿瘤进展的乳腺癌患者

样本要求

检测流程

OmiSentinel Pan-Cancer

奥明守护：实体瘤全景基因检测

产品介绍

OmiSentinel Pan-Cancer是奥明医学针对多种实体瘤个性化诊疗开发的基因检测产品，可检测539个肿瘤相关基因，涵盖肿瘤靶向用药基因、化疗用药基因、免疫治疗相关基因和肿瘤信号传导通路相关基因，对肿瘤的靶向治疗、化疗、免疫治疗、PARP抑制剂治疗等方面进行综合评估和指导，检测全面，解读专业，为患者的个性化用药方案提供可靠的参考依据，最大程度使患者获益。

检测癌种

检测突变类型

检测内容

产品优势

适用人群

• 需要进行靶向治疗、化疗的实体瘤患者

• 需要进行免疫治疗或者PARP抑制剂治疗的实体瘤患者

• 无法手术、穿刺不耐受或无法获得足够组织样本的患者

• 治疗过程中出现复发、耐药或转移的患者

• 经过手术和治疗，需持续实时监控肿瘤进展的患者

样本采集要求

检测流程

OmiScope Lung Cancer

奥明靶向：肺癌基因检测

肺癌的精准诊疗

随着医疗发展进入精准医疗时代，肺癌的治疗不仅要明确组织类型，还需要清楚肺癌的分子病理特征，通过检测EGFR、ALK、ROS1等驱动基因的变异情况，根据驱动基因的改变来针对性地指导用药方案，让患者实现个性化治疗，从而改善治疗效果，延长生存期。

OmiScope Lung Cancer

OmiScope Lung Cancer是奥明医学针对肺癌个性化诊疗开发的基因检测系列产品，涵盖32个肺癌靶向用药基因和23个化疗药物相关基因，检测全面，解读专业，可辅助临床医生制定个性化用药方案，实现精准治疗。

靶向用药基因

化疗用药基因

检测的突变类型

产品优势

适用人群

• 需要进行靶向治疗、化疗的肺癌患者

• 无法手术、穿刺不耐受或无法获得足够组织样本的肺癌患者

• 治疗过程中出现复发、耐药或转移的肺癌患者

• 经过手术和治疗，需持续实时监控肿瘤进展的肺癌患者

样本要求

检测流程

、

精准检测只为精准治疗，为您的康复保驾护航！

肺癌的精准诊疗

随着医疗发展进入精准医疗时代，肺癌的治疗不仅要明确组织类型，还需要清楚肺癌的分子病理特征，通过检测EGFR、ALK、ROS1等驱动基因的变异情况，根据驱动基因的改变来针对性地指导用药方案，让患者实现个性化治疗，从而改善治疗效果，延长生存期。

ctDNA液体活检

ctDNA是肿瘤患者体内肿瘤细胞凋亡、坏死或主动释放进入外周血的游离DNA，可作为肿瘤特异性分子标志物。通过检测ctDNA，可实时多次获得丰富的肿瘤相关遗传变异信息，在癌症诊断的多个方面发挥重要作用：

健康风险全面评估基因检测

人类患病是由内因（先天的遗传体质）和外因（后天的生活环境、习惯、饮食结构等因素）共同作用的结果。基因检测可以解码疾病的内因，全面了解个体遗传特性，以便方向性、有针对性的建立更加健康的生活方式及饮食习惯，内外结合，做到复杂疾病的全面预防，避免重大疾病的发生。

检测项目

适用人群

                      对于关注自身健康或者家族史不明的健康人群，可以通过检测了解自己的肿瘤相关基因状态，防患于未然。

服务流程

    外部环境的恶劣或自身基因缺陷，会引起基因组的突变。随着体细胞基因突变不断增加，极易使体内正常细胞发生转化成为癌细胞，单个细胞癌变再经过不断地增殖，不断地变异，形成恶性肿瘤。我们通常所发现的肿瘤，只不过是癌症浮出海面的冰山一角，海平面下是酝酿已久的冰山——基因突变的累积。基因是染色体上具有遗传效应的DNA片段，存在于人体几乎每一个细胞中。基因受之于父母，与生俱来。《NCI-The Genetics of cancer》明确指出：基因突变导致癌症，癌症的本质是一种基因病，癌症的防治必须从癌症的病因——基因入手。

    乳腺癌是指发生在乳腺上皮组织的恶性肿瘤，99%发生在女性。乳腺癌号称“女性癌症第一杀手”，据《2018中国最新癌症统计报告》统计，乳腺癌的发病率仍居女性所有癌种发病率之首。奥明医学针对乳腺癌个体化诊疗开发的基因检测系列产品是面向乳腺癌患者精准用药需求推出的高通量测序多基因检测产品。产品根据临床实际采样需要，灵活选择血液、组织等多种样本类型，针对药物对应的基因靶点进行全面检测及精准解读，辅助临床医生制定个体化用药方案，实现精准治疗。

我们提供以下乳腺癌检测位点：

产品优势

适用人群与样本要求

服务流程

    结直肠癌目前是我国第三大常见恶性肿瘤，约有25%的患者在初诊时便已发生局部或者远处转移，5年的生存率仅为12%。但大部分经过治疗的早期结直肠癌患者5年的生存率超过50%。所以开展有效的早期诊断和选择合适的药物治疗，对于结直肠癌患者可谓至关重要。

    液体活检 是通过血液或者唾液等体液检测实现对癌症等疾病的诊断，主要分为4个分支：循环肿瘤细胞(CTCs)，循环肿瘤DNA(ctDNA)，循环肿瘤RNA(ctRNA)，肿瘤外泌体(携带细胞来源的蛋白质、脂类、DNA、RNA等)。与组织活检相比，液体活检具有非介入性，可重复抽取肿瘤样本，并能反应肿瘤全貌，在很大程度上弥补组织活检存在的缺陷。

液体活检在结直肠癌早期诊断中的作用

    Lofton-Day等2008年发现Septin9 DNA甲基化与结直肠癌的发生有关，并建立了血浆Septin9检测方法应用于结直肠癌的早期诊断。此后国内外多项研究证实血浆Septin9可用于结直肠癌的早期诊断，并且灵敏度大于79%，特异性大于85%。目前血浆mSEPT9检测已进入临床作为结直肠癌筛查项目，通过与粪便隐血检测、血浆蛋白标志物检测、内镜检查联合组织活检等技术相结合，可有效实现对结直肠癌的早期诊断。

液体活检在结直肠癌手术预后判断和复发监测中的应用

        ctDNA水平与肿瘤负荷及分期相关，作为一种新的生物标志物，ctDNA可满足临床实时、动态、无创检测肿瘤符合变化的要求。通过监测ctDNA中特定基因突变位点、异常甲基化和拷贝数变异水平的变化等，可用于评价肿瘤治疗效果、病灶的残留，从而作为预后评估和复发监测的指标。

        CTCs应用于结直肠癌手术预后判断和复发监测较ctDNA更早，研究表明，CTC＞3个/7.5 mL血液时，结直肠癌患者5年生存率较低并且治疗效果比较差；若治疗后CTC水平下降，则生存率和预后效果都比较好。目前CTCs在结直肠癌中应用主要集中在术前或者术后以特定标记物捕获的CTCs的数量来作为手术预后评估的参考。

液体活检在结直肠癌靶向治疗中的应用

    抗EGFRs靶向治疗是目前应用于mCRC的一线治疗方案。抗EGFRs靶向治疗在结直肠癌中所引起的耐药与EGFR下游通路基因发生突变相关。ctDNA携带有肿瘤细胞遗传物质信息，检测外周血中相关基因(常见如KRAS、NRAS等)突变丰度可为临床耐药发生提供佐证。通过对结直肠癌患者ctDNA中特定基因的突变水平进行定量分析，可观测药物治疗中肿瘤进化的动态过程，从而为结直肠癌靶向治疗策略提供依据。

        CTCs可基于其分子改变确定靶向药物的耐药性检测。有研究表明，mCRC患者的CTCs中检测到KRAS的突变，30%接收靶向药物治疗的患者会发生继发性KRAS基因突变。这提示着我们，通过监测外周血中CTCs的分子变化，可作为靶向药治疗的终点。

我们提供以下结直肠癌检测位点：

送样要求

血液：全血取10 mL，Streck Cell-Free DNA BCT保存和运输。

血浆和血细胞：抽血后，将全血进行4℃，3000g离心10 min，收集上清和沉淀；上清再进行4℃，16000g离心10 min，收集上清。

适用人群

1） 拟采用靶向药物治疗的结直肠癌初诊患者

2）治疗方案不佳，想要更换用药方案的结直肠癌患者

3）出现耐药或复发转移，需要新治疗方案的结直肠癌患者

4）手术后需要监测预后状况和复发情况的结直肠癌患者

    液体活检作为体外诊断的一个分支,是指一种非侵入式的血液测试,它不仅可以辅助诊断实体瘤，而且能够实现耐药复发监测，疗效评估，是组织活检的有力补充。

    液体活检技术主要包括循环肿瘤细胞（circulating tumor cells,CTCs），循环肿瘤DNA( Cell-Free Circulating Tumor DNA，ctDNA)，以及外泌体检测。CTCs是游离于血液循环系统中的肿瘤细胞，不仅包含肿瘤的DNA信息，同时还包含基因组、蛋白质组等信息，是研究肿瘤组织信息的丰富来源。ctDNA是指人体血液循环系统中携带一定（包括突变、缺少、插入、重排、拷贝数异常、甲基化等）来自肿瘤基因组的DNA片段。ctDNA的主要来源包括：1.来自坏死的肿瘤细胞 2.来自凋亡的肿瘤细胞 3.循环肿瘤细胞 4.来自肿瘤细胞分泌的外排体。由于任何肿瘤发生灶和转移灶都会向血液中释放ctDNA，因此ctDNA作为一种新的肿瘤标志物，在肿瘤的早期筛查、个体化用药、疗效评估和复发检测等方面发挥着重要的作用。基于二代测序技术的ctDNA液体活检，能实现多基因多靶点的平行检测，且拥有极高的敏感性与特异性。

ctDNA检测的优势

1) 非侵入性，风险小，取样方便，发病早期即可检测；

2) 可检测肿瘤类型多，且不受病灶部位和癌种限制；

3) 避免了组织取样异质性，可真实反映患者基因变异全景；

4) 可实现对于治疗及疾病进展的动态监测。

    肺癌是我国发病率和死亡率最高的恶性肿瘤之一，肺癌发生于支气管粘膜上皮，亦称支气管癌。世界卫生组织(WHO)按组织学分类将肺癌分为：小细胞肺癌(SCLC)、大细胞癌(LCC)、鳞状细胞癌(SCC)及腺癌(ADC)。

    肺癌液态活检基于肺癌患者外周血样本，检测与肺癌关系明确的基因，解读肺癌靶向药物，可详细了解肺癌患者特有基因变异情况，为患者提供个性化用药指导。

我们提供以下肺癌检测位点：

送样要求

血液：全血取10 mL，Streck Cell-Free DNA BCT保存和运输。

血浆和血细胞：抽血后，将全血进行4℃，3000g离心10 min，收集上清和沉淀；上清再进行4℃，16000g离心10 min，收集上清。

适用人群

1) 拟采用靶向药物治疗的肺癌初诊患者

2) 治疗方案不佳，想要更换用药方案的肺癌患者

3) 出现耐药或复发转移，需要新治疗方案的肺癌患者

4) 手术后需要监测预后状况和复发情况的肺癌患者

易感基因检测

       《黄帝内经》记载：“上医治未病，中医治欲病，下医治已病”。可见“疾病预防”的观念在我国已有悠久的历史。随着生命科学技术的不断发展，通过基因检测的手段预测“未病”已经成为可能。

        现代医学认为，大多数疾病是由于内因（基因）和外因（生活习惯、环境等因素）共同作用导致的。由于某种基因型的存在，会增加某些疾病的发生风险，这种与疾病发生相关的基因叫做疾病易感基因。由于不同个体的基因之间存在一定差异，有些人天生就容易患某些疾病，即携带与疾病发生相关的易感基因型，当这些易感人群接触环境中不良因素时，其疾病发生机率比不携带疾病易感基因型的人群要高。所以了解人体内疾病易感基因的情况，可以帮助预测疾病发生的风险。

产品介绍

      通过对肿瘤全面易感基因进行检测，可以全面地提示疾病遗传性风险。从遗传角度找到基因中影响健康的隐患，指导受检客户制定个性化健康管理方案，包括生活方式调整、生活环境选择、体检方案制定、安全用药指导等，并提供专业的检测报告及遗传咨询服务，帮助受检客户规避导致疾病发生的危险因素，有效预防疾病发生。

      随着人类基因组计划的完成、基因组学研究的不断发展，营养基因组学、药物基因组学也应运而生，使个性化膳食营养、个体化用药成为可能。

检测内容

样本类型及检测周期

    1.血液检测：3~5ml外周血，EDTA抗凝管（紫色头）采集。

      口腔黏膜细胞：左右口腔壁采集好的2根口腔拭子，口腔拭子采样包

    2.检测周期：10-15个工作日

适用人群

   1.肿瘤患者

      由于易感基因突变导致罹患结直肠癌的患者，通过检测可以指导手术、用药和复发检测。

   2.有肿瘤家族史的人

     有肿瘤家族史人群即可能携带致病突变的人群，通过基因检测确定他们的肿瘤发生风险并进行干预。

   3.所有关注健康人群

     对于其余关注肿瘤风险的人，可以确定自身肿瘤易感基因的突变状态，真正意义上做到“早发现、早诊断、早治疗”。

检测意义

    1.指导生活方式调整

    2.指导生活环境调整

    3.指导常规体检

   4.指导安全用药

检测流程

   1.客户登记

   2.样本采集

   3.样本运输

   4.样本检测

   5.数据分析

   6.报告出具

   7.遗传咨询

易感基因检测

       《黄帝内经》记载：“上医治未病，中医治欲病，下医治已病”。可见“疾病预防”的观念在我国已有悠久的历史。随着生命科学技术的不断发展，通过基因检测的手段预测“未病”已经成为可能。

        现代医学认为，大多数疾病是由于内因（基因）和外因（生活习惯、环境等因素）共同作用导致的。由于某种基因型的存在，会增加某些疾病的发生风险，这种与疾病发生相关的基因叫做疾病易感基因。由于不同个体的基因之间存在一定差异，有些人天生就容易患某些疾病，即携带与疾病发生相关的易感基因型，当这些易感人群接触环境中不良因素时，其疾病发生机率比不携带疾病易感基因型的人群要高。所以了解人体内疾病易感基因的情况，可以帮助预测疾病发生的风险。

产品介绍

      通过对肿瘤全面易感基因进行检测，可以全面地提示疾病遗传性风险。从遗传角度找到基因中影响健康的隐患，指导受检客户制定个性化健康管理方案，包括生活方式调整、生活环境选择、体检方案制定、安全用药指导等，并提供专业的检测报告及遗传咨询服务，帮助受检客户规避导致疾病发生的危险因素，有效预防疾病发生。

      随着人类基因组计划的完成、基因组学研究的不断发展，营养基因组学、药物基因组学也应运而生，使个性化膳食营养、个体化用药成为可能。

检测内容

样本类型及检测周期

    1.血液检测：3~5ml外周血，EDTA抗凝管（紫色头）采集。

      口腔黏膜细胞：左右口腔壁采集好的2根口腔拭子，口腔拭子采样包

    2.检测周期：10-15个工作日

适用人群

   1.肿瘤患者

      由于易感基因突变导致罹患结直肠癌的患者，通过检测可以指导手术、用药和复发检测。

   2.有肿瘤家族史的人

     有肿瘤家族史人群即可能携带致病突变的人群，通过基因检测确定他们的肿瘤发生风险并进行干预。

   3.所有关注健康人群

     对于其余关注肿瘤风险的人，可以确定自身肿瘤易感基因的突变状态，真正意义上做到“早发现、早诊断、早治疗”。

检测意义

    1.指导生活方式调整

    2.指导生活环境调整

    3.指导常规体检

   4.指导安全用药

检测流程

   1.客户登记

   2.样本采集

   3.样本运输

   4.样本检测

   5.数据分析

   6.报告出具

   7.遗传咨询

Q1：什么是癌症？

 A：  癌症是恶性的肿瘤，是一类疾病的统称，这些疾病都有一些共同的特点。癌细胞除了会不断增生，还会局部侵入周围正常组织甚至经由血液循环系统或淋巴系统转移到身体其他部分。癌症的根源，可以归结于DNA突变的累积。而突变的累积则导致促进细胞生长的蛋白质大量表达，并且破坏抑癌基因的功能，使得细胞周期控制失常。

Q2：什么是遗传性肿瘤？

 A：  肿瘤有两种发生情况，一种是后天因素导致的，一种是先天遗传因素导致的，这种先天遗传因素导致的肿瘤就叫做遗传性肿瘤。肿瘤是一种基因病，所有肿瘤的发生都跟基因异常相关。而遗传性肿瘤便是由于患者先天就携带有异常/缺陷基因而导致的。这些发生缺陷后会导致遗传性肿瘤发生的基因，叫做肿瘤易感基因。而遗传性肿瘤基因检测，则可筛查受试者是否携带有遗传性肿瘤易感基因的异常突变，从而了解自身基因是否正常，罹患某些遗传性肿瘤的风险有多大等信息。遗传性肿瘤基因检测可以在身体还没有发生肿瘤的情况下，找到威胁健康的隐患，提前预警。

Q3：什么是肿瘤的驱动基因？

 A：  肿瘤的驱动基因指调控细胞生长的某个重要基因发生了改变（突变，扩增，重排等），导致原癌基因的激活以及抑癌基因的失活。这些改变了的基因导致了正常细胞转化为肿瘤细胞，就叫做肿瘤驱动基因。不同癌症的肿瘤驱动基因不一定相同。以非小细胞肺癌为例，其常见的肿瘤驱动基因有EGFR，ALK，HER2，MET，RET，ROS1，BRAF以及KRAS等。

Q4：什么是液体活检？

 A：  液体活检技术是一种利用高通量测序技术来检测血液中小DNA碎片的新技术。肿瘤细胞发生死亡或者凋亡会释放一部分DNA到血液中，这些DNA携带着与肿瘤相关的基因变异，液态活检通过一种简单的血液检测可对遗传侵入进行定位、研究和监控，而不会给患者带来更多的身体伤害，因此能够多次取样多次检测，从而实现对患者病情的动态监测，为临床治疗提供更多的参考。我们主要检测两类基因：一类是目前国内外公认的与肿瘤用药相关的基因；另一类是与肿瘤的发生密切相关的基因。

        ctDNA是血液循环肿瘤DNA，是由肿瘤细胞释放到血液循环系统中的DNA，也是一种高度灵敏、特异性的肿瘤新型标志物，可通过检测其相关信息，来评估癌症关键基因的突变，从而实现指导用药。大量文献表明，通过检测血液中得ctDNA,检测结果与组织检测的一致性为60% - 95%。对同一患者的组织样本和血液样本进行检测，因组织选取的部位不同、肿瘤分期差异等，会存在组织血液不一致的现象。

Q5：什么是靶向治疗和靶向药物？

 A：  靶向治疗通常指分子靶向治疗或靶向癌症治疗，即利用药物或其他物质，阻抑参与癌细胞生长、扩散以及迁移的分子靶标。靶向治疗针对与癌症相关的特定分子，能精确选择或设计与目标受体进行反应，靶点通常是细胞抑制剂。

    靶向药物是针对引起癌症发生的基因变异而设计，它仅能作用于携带某靶向药物特定对应的靶向基因变异的病人。针对患有不同癌种的病人，通过进行相对应的分子检测，看是否有有靶向药物用药意义的基因变异发生。靶向药物并不是对所有人都有效，只有携带了特定基因变异的患者才有更好的治疗效果。因此，靶向药物都要在专业医生指导下使用，患者并不能自作主张。如果不进行基因检测，盲目的使用靶向药物，不仅会增加患者的经济负担，更有可能错过最佳治疗的时间。

Q6：服用靶向药物为何会产生耐药，发生耐药后怎么办？

 A：  分子靶向药物是通过抑制肿瘤细胞的生长，最后使其死亡来达到治疗目的。各种特定的分子靶向药物针对某种癌细胞的某一个蛋白、某一个分子起作用，只抑制肿瘤生长的一条通路。当一条通路受到抑制时，肿瘤细胞会不断选择其他通路合成自身生长所需要的物质，久而久之产生耐药性。

        肿瘤耐药的根本原因是肿瘤的基因突变情况发生了变化，原来靶向治疗的肿瘤区域减小，不被治疗的肿瘤区域增大，产生了新的基因突变类型，这时候最好的办法是再次接受基因检测。

Q7：基因检测要检测很多基因？

 A：  基因承载人体的全部遗传信息，其化学本质是DNA，也就是脱氧核糖核苷酸。当一些基因出现了异常，就会影响人体的各种生理活动，严重时会导致疾病。基因突变就是癌症发生的根本原因。

        许多癌症的发生不仅仅受单基因的控制，像非小细胞肺癌的发病受到一系列驱动基因影响，并针对每一种变异类型开发了不同的靶向药物，正逐渐应用于临床治疗。常见的作用靶点包括EGFR、EML4-ALK、BRAF、KRAS、PIK3CA、MET、ROS1等。

        基因检测的目的在于让患者在最大范围内寻找可以应用的靶向药物。有一些基因突变的类型很常见，属于“大众突变”，而更多的是很多类型的突变，仅在少数人中出现，但是只要能检测出来，就代表着患者可能使用某种药物治疗。此外，还有一些基因在本癌种中不容易突变，但是其他癌种中突变频率很高，同时还有对应的治疗药物，对于这种情况，就提供了“异病同治”的可能。全面的基因检测还可以提供一些尚在临床试验的靶向药物的治疗可能性。

常见问题

Q1：什么是癌症？

 癌症是恶性的肿瘤，是一类疾病的统称，这些疾病都有一些共同的特点。癌细胞除了会不断增生，还会局部侵入周围正常组织甚至经由血液循环系统或淋巴系统转移到身体其他部分。癌症的根源，可以归结于DNA突变的累积。而突变的累积则导致促进细胞生长的蛋白质大量表达，并且破坏抑癌基因的功能，使得细胞周期控制失常。

Q2：什么是遗传性肿瘤？

肿瘤有两种发生情况，一种是后天因素导致的，一种是先天遗传因素导致的，这种先天遗传因素导致的肿瘤就叫做遗传性肿瘤。肿瘤是一种基因病，所有肿瘤的发生都跟基因异常相关。而遗传性肿瘤便是由于患者先天就携带有异常/缺陷基因而导致的。这些发生缺陷后会导致遗传性肿瘤发生的基因，叫做肿瘤易感基因。而遗传性肿瘤基因检测，则可筛查受试者是否携带有遗传性肿瘤易感基因的异常突变，从而了解自身基因是否正常，罹患某些遗传性肿瘤的风险有多大等信息。遗传性肿瘤基因检测可以在身体还没有发生肿瘤的情况下，找到威胁健康的隐患，提前预警。

Q3：什么是肿瘤的驱动基因？

肿瘤的驱动基因指调控细胞生长的某个重要基因发生了改变（突变，扩增，重排等），导致原癌基因的激活以及抑癌基因的失活。这些改变了的基因导致了正常细胞转化为肿瘤细胞，就叫做肿瘤驱动基因。不同癌症的肿瘤驱动基因不一定相同。以非小细胞肺癌为例，其常见的肿瘤驱动基因有EGFR，ALK，HER2，MET，RET，ROS1，BRAF以及KRAS等。

Q4：什么是液体活检？

液体活检技术是一种利用高通量测序技术来检测血液中小DNA碎片的新技术。肿瘤细胞发生死亡或者凋亡会释放一部分DNA到血液中，这些DNA携带着与肿瘤相关的基因变异，液态活检通过一种简单的血液检测可对遗传侵入进行定位、研究和监控，而不会给患者带来更多的身体伤害，因此能够多次取样多次检测，从而实现对患者病情的动态监测，为临床治疗提供更多的参考。我们主要检测两类基因：一类是目前国内外公认的与肿瘤用药相关的基因；另一类是与肿瘤的发生密切相关的基因。

ctDNA是血液循环肿瘤DNA，是由肿瘤细胞释放到血液循环系统中的DNA，也是一种高度灵敏、特异性的肿瘤新型标志物，可通过检测其相关信息，来评估癌症关键基因的突变，从而实现指导用药。大量文献表明，通过检测血液中得ctDNA,检测结果与组织检测的一致性为60% - 95%。对同一患者的组织样本和血液样本进行检测，因组织选取的部位不同、肿瘤分期差异等，会存在组织血液不一致的现象。

Q5：什么是靶向治疗和靶向药物？

靶向治疗通常指分子靶向治疗或靶向癌症治疗，即利用药物或其他物质，阻抑参与癌细胞生长、扩散以及迁移的分子靶标。靶向治疗针对与癌症相关的特定分子，能精确选择或设计与目标受体进行反应，靶点通常是细胞抑制剂。

靶向药物是针对引起癌症发生的基因变异而设计，它仅能作用于携带某靶向药物特定对应的靶向基因变异的病人。针对患有不同癌种的病人，通过进行相对应的分子检测，看是否有有靶向药物用药意义的基因变异发生。靶向药物并不是对所有人都有效，只有携带了特定基因变异的患者才有更好的治疗效果。因此，靶向药物都要在专业医生指导下使用，患者并不能自作主张。如果不进行基因检测，盲目的使用靶向药物，不仅会增加患者的经济负担，更有可能错过最佳治疗的时间。

Q6：服用靶向药物为何会产生耐药，发生耐药后怎么办？

 分子靶向药物是通过抑制肿瘤细胞的生长，最后使其死亡来达到治疗目的。各种特定的分子靶向药物针对某种癌细胞的某一个蛋白、某一个分子起作用，只抑制肿瘤生长的一条通路。当一条通路受到抑制时，肿瘤细胞会不断选择其他通路合成自身生长所需要的物质，久而久之产生耐药性。

 肿瘤耐药的根本原因是肿瘤的基因突变情况发生了变化，原来靶向治疗的肿瘤区域减小，不被治疗的肿瘤区域增大，产生了新的基因突变类型，这时候最好的办法是再次接受基因检测。

Q7：基因检测要检测很多基因？

 基因承载人体的全部遗传信息，其化学本质是DNA，也就是脱氧核糖核苷酸。当一些基因出现了异常，就会影响人体的各种生理活动，严重时会导致疾病。基因突变就是癌症发生的根本原因。

 许多癌症的发生不仅仅受单基因的控制，像非小细胞肺癌的发病受到一系列驱动基因影响，并针对每一种变异类型开发了不同的靶向药物，正逐渐应用于临床治疗。常见的作用靶点包括EGFR、EML4-ALK、BRAF、KRAS、PIK3CA、MET、ROS1等。

 基因检测的目的在于让患者在最大范围内寻找可以应用的靶向药物。有一些基因突变的类型很常见，属于“大众突变”，而更多的是很多类型的突变，仅在少数人中出现，但是只要能检测出来，就代表着患者可能使用某种药物治疗。此外，还有一些基因在本癌种中不容易突变，但是其他癌种中突变频率很高，同时还有对应的治疗药物，对于这种情况，就提供了“异病同治”的可能。全面的基因检测还可以提供一些尚在临床试验的靶向药物的治疗可能性。

常见问题

Q1：什么是癌症？

A： 癌症是恶性的肿瘤，是一类疾病的统称，这些疾病都有一些共同的特点。癌细胞除了会不断增生，还会局部侵入周围正常组织甚至经由血液循环系统或淋巴系统转移到身体其他部分。癌症的根源，可以归结于DNA突变的累积。而突变的累积则导致促进细胞生长的蛋白质大量表达，并且破坏抑癌基因的功能，使得细胞周期控制失常。

Q2：什么是遗传性肿瘤？

A： 肿瘤有两种发生情况，一种是后天因素导致的，一种是先天遗传因素导致的，这种先天遗传因素导致的肿瘤就叫做遗传性肿瘤。肿瘤是一种基因病，所有肿瘤的发生都跟基因异常相关。而遗传性肿瘤便是由于患者先天就携带有异常/缺陷基因而导致的。这些发生缺陷后会导致遗传性肿瘤发生的基因，叫做肿瘤易感基因。而遗传性肿瘤基因检测，则可筛查受试者是否携带有遗传性肿瘤易感基因的异常突变，从而了解自身基因是否正常，罹患某些遗传性肿瘤的风险有多大等信息。遗传性肿瘤基因检测可以在身体还没有发生肿瘤的情况下，找到威胁健康的隐患，提前预警。

Q3：什么是肿瘤的驱动基因？

A： 肿瘤的驱动基因指调控细胞生长的某个重要基因发生了改变（突变，扩增，重排等），导致原癌基因的激活以及抑癌基因的失活。这些改变了的基因导致了正常细胞转化为肿瘤细胞，就叫做肿瘤驱动基因。不同癌症的肿瘤驱动基因不一定相同。以非小细胞肺癌为例，其常见的肿瘤驱动基因有EGFR，ALK，HER2，MET，RET，ROS1，BRAF以及KRAS等。

Q4：什么是液体活检？

A： 液体活检技术是一种利用高通量测序技术来检测血液中小DNA碎片的新技术。肿瘤细胞发生死亡或者凋亡会释放一部分DNA到血液中，这些DNA携带着与肿瘤相关的基因变异，液态活检通过一种简单的血液检测可对遗传侵入进行定位、研究和监控，而不会给患者带来更多的身体伤害，因此能够多次取样多次检测，从而实现对患者病情的动态监测，为临床治疗提供更多的参考。我们主要检测两类基因：一类是目前国内外公认的与肿瘤用药相关的基因；另一类是与肿瘤的发生密切相关的基因。

ctDNA是血液循环肿瘤DNA，是由肿瘤细胞释放到血液循环系统中的DNA，也是一种高度灵敏、特异性的肿瘤新型标志物，可通过检测其相关信息，来评估癌症关键基因的突变，从而实现指导用药。大量文献表明，通过检测血液中得ctDNA,检测结果与组织检测的一致性为60% - 95%。对同一患者的组织样本和血液样本进行检测，因组织选取的部位不同、肿瘤分期差异等，会存在组织血液不一致的现象。

Q5：什么是靶向治疗和靶向药物？

A： 靶向治疗通常指分子靶向治疗或靶向癌症治疗，即利用药物或其他物质，阻抑参与癌细胞生长、扩散以及迁移的分子靶标。靶向治疗针对与癌症相关的特定分子，能精确选择或设计与目标受体进行反应，靶点通常是细胞抑制剂。

靶向药物是针对引起癌症发生的基因变异而设计，它仅能作用于携带某靶向药物特定对应的靶向基因变异的病人。针对患有不同癌种的病人，通过进行相对应的分子检测，看是否有有靶向药物用药意义的基因变异发生。靶向药物并不是对所有人都有效，只有携带了特定基因变异的患者才有更好的治疗效果。因此，靶向药物都要在专业医生指导下使用，患者并不能自作主张。如果不进行基因检测，盲目的使用靶向药物，不仅会增加患者的经济负担，更有可能错过最佳治疗的时间。

Q6：服用靶向药物为何会产生耐药，发生耐药后怎么办？

 A： 分子靶向药物是通过抑制肿瘤细胞的生长，最后使其死亡来达到治疗目的。各种特定的分子靶向药物针对某种癌细胞的某一个蛋白、某一个分子起作用，只抑制肿瘤生长的一条通路。当一条通路受到抑制时，肿瘤细胞会不断选择其他通路合成自身生长所需要的物质，久而久之产生耐药性。

肿瘤耐药的根本原因是肿瘤的基因突变情况发生了变化，原来靶向治疗的肿瘤区域减小，不被治疗的肿瘤区域增大，产生了新的基因突变类型，这时候最好的办法是再次接受基因检测。

Q7：基因检测要检测很多基因？

A： 基因承载人体的全部遗传信息，其化学本质是DNA，也就是脱氧核糖核苷酸。当一些基因出现了异常，就会影响人体的各种生理活动，严重时会导致疾病。基因突变就是癌症发生的根本原因。

许多癌症的发生不仅仅受单基因的控制，像非小细胞肺癌的发病受到一系列驱动基因影响，并针对每一种变异类型开发了不同的靶向药物，正逐渐应用于临床治疗。常见的作用靶点包括EGFR、EML4-ALK、BRAF、KRAS、PIK3CA、MET、ROS1等。

基因检测的目的在于让患者在最大范围内寻找可以应用的靶向药物。有一些基因突变的类型很常见，属于“大众突变”，而更多的是很多类型的突变，仅在少数人中出现，但是只要能检测出来，就代表着患者可能使用某种药物治疗。此外，还有一些基因在本癌种中不容易突变，但是其他癌种中突变频率很高，同时还有对应的治疗药物，对于这种情况，就提供了“异病同治”的可能。全面的基因检测还可以提供一些尚在临床试验的靶向药物的治疗可能性。

外显子组&目标区域测序

    外显子组是一个物种基因组中全部外显子区域的总和。人全外显子测序技术，是指利用序列捕获技术将人的全基因组中全部外显子区域DNA捕捉并富集后进行高通量测序的基因组分析方法。它是一种选择基因组的编码序列进行分析的高效策略。外显子测序相对于基因组重测序成本较低，同时基于大量的公共数据库提供的外显子数据，对研究已知基因的SNP、InDel分析等具有较大的优势，能够结合现有的资源更好地解释研究成果。

    目标区域测序是指利用特制的探针对感兴趣的蛋白编码区域DNA或某段特定序列进行富集，随后通过高通量测序技术对该目标区域进行深度测序，发现特定遗传信息，极大提高了基因组中目标区域的研究效率，显著降低了研究成本。该技术可用于鉴定和研究孟德尔疾病，复杂疾病如癌症、糖尿病、肥胖症等的致病基因和易感基因，进行群体研究，如人类罕见遗传变异等，帮助研究人员更好地解释这些疑难杂症的致病机理。

技术路线

技术参数

样品要求

1. 基因组DNA：DNA浓度≥ 20 ng/μl，总量≥ 0.6 μg，OD 260/280在1.7~1.9之间，无明显RNA、蛋白质等杂质污染，基因组条带清晰、完整。样品浓度越高越好。请用干冰运输样品到实验室（不超过48 h），且事先用封口膜将管口密封好，防止出现污染。

2. 组织样本：必须是在手术切除后立即冷冻保存（液氮或-80℃），保存时间不要超过半年。取肿瘤样本时建议不要带有黄色脂肪组织和血液，重量大于50 mg。请用干冰运输样品到实验室（不超过48 h），且事先用封口膜将管口密封好，防止出现污染。

3. 全血或骨髓样品：体积大于2 mL，需用紫色盖子的抗凝血管取样并保存于-80℃。请用干冰运输样品到实验室（不超过48 h），且事先用封口膜将管口密封好，防止出现污染。

4. 细胞悬液或细胞系：建议细胞数大于10⁵个，按照细胞冻存的标准操作并保存于液氮或-80℃。请用干冰运输样品到实验室（不超过48 h），且事先用封口膜将管口密封好，防止出现污染。

5. 石蜡样品：蜡块或者是石蜡切片，且切片未经过染色等处理，并建议切片上或者蜡块里的组织不能零碎，完整组织最好，切片数大于10片。请用普通条件运输样品到实验室。

6. 样品保存期间切忌反复冻融。

常见问答

1. Q：外显子测序有哪些优势？

A：外显子测序是全基因重测序的一个较为经济的替代手段，对研究基因的SNP、Indel等具有较大的优势。与全基因组测序相比，外显子测序覆盖度更深，数据准确性更高，并且利用丰富的公共数据库中的外显子数据，可以更好的理解序列结果，研究成本大大降低。

2. Q：外显子组测序需要多少的覆盖深度？

A：我们推荐采用50×或100×的覆盖深度，目标区域测序推荐200×以上测序深度，根据项目的具体需求选择合适的覆盖深度。

3. Q：外显子测序中的捕获效率及覆盖度分别指什么？

A：捕获效率指比对到目标区域的有效数据量占总数据量的比例。捕获效率的高低不影响数据质量，只影响数据的有效比例。覆盖度是目标区域被覆盖到的比率，是研究人员较为关心的指标。

4. Q：癌症基因组学测序为什么通常选取同一个患者成对的癌组织和癌旁组织/血液样本？

A：癌症基因组学侧重于研究肿瘤细胞特有的、非遗传因素导致的体细胞突变，因此我们需要选取患者的正常组织进行测序，以过滤germline mutations。由于考虑到个体间germline突变差异很大，为避免筛选出很多假阳性体细胞突变位点，肿瘤和正常组织需来源于同一个体。

5. Q：FFPE样本和ctDNA研究适合用外显子测序吗？

A：适合，在进行FFPE样本建库前，我们会先对FFPE样本进行质检，质检合格的样本可以进行测序研究，由于FFPE样本和ctDNA自身的特点，其本身存在DNA片段化、起始量不足等情况，高深度的外显子测序可以通过增加测序reads数，提高变异检出的准确性。

ChIP-seq

    染色质免疫共沉淀技术（Chromatin Immunoprecipitation ，ChIP）是研究体内蛋白质与DNA相互作用的有力工具，通常用于转录因子结合位点或组蛋白特异性修饰位点的研究。将ChIP与第二代测序技术相结合的ChIP-seq 技术，以高效率的测序手段得到高通量的数据结果，从而获得在全基因组范围内与特异性修饰组蛋白和转录因子等结合的DNA区段信息。

        ChIP-seq 的原理：染色质免疫共沉淀技术（ChIP）特异性地富集目的蛋白结合的DNA 片段，DNA的纯化与文库构建，DNA文库高通量测序，将数百万条序列标签精确定位到基因组上，获得全基因组范围内与组蛋白、转录因子等互作的DNA 区段信息。

技术路线

技术参数

样品要求

1. 样本类型：ChIPed DNA样品或固定好的细胞样品

2. 样品总量：≥ 10 ng ChIPed DNA；固定细胞数不低于10⁷个（单次2×10⁶个）

3. 样品浓度：≥ 1 ng/ul

4. 样品质量：1.8 ≤ OD260/280 ≤ 2.0，1.5 ≤ OD260/230，DNA片段大小在100-300 bp范围内，主带明显，250 bp左右最佳，同时请提供DNA打断时的检测胶图，样品最好经过ChIP-PCR验证。

5. 送样信息：样品溶于超纯水中，放于DNase-free 的1.5 ml 离心管中，管口用封口膜封好。请在样品管上做好清楚的标识，最好写在标签纸上，贴在管壁。仔细填写样品信息表，同时提供质量检测相关数据和图片。

6. 样品运输：DNA样品请用干冰或者冰袋运输。干冰运输时间不要超过72小时；冰袋运输，时间最好不要超过24小时。样品在保存和运输过程中避免反复冻融。

常见问答

1. Q：文库制备过程是否需要PCR 扩增？PCR 扩增后是否会影响最后的结果？

    A：ChIP-seq是基于二代测序平台，在文库制备过程中需要进行PCR扩增，对PCR循环数有严格的控制以减少扩增造成的影响。因此由PCR引起的偏向性非常小。

2. Q：DNA片段范围的跨度多少，对后续测序有什么影响？

    A：DNA片段范围对定量准确性、测序质量与数据产量都可能有影响，而且跨度越大，影响越大。通常我们要求打断后的DNA条带在100-300 bp 之间，主峰250 bp 左右。目前在建库过程中允许的最长跨度为200 bp。

3. Q：哪些因素会影响ChIP-seq的结果？

    A：抗体的质量与特异性、实验设计、ChIP 实验过程、DNA片段长度范围、测序深度、测序质量等都会影响ChIP-seq 的结果。

4. Q：Input 是什么？有什么作用？Input 和IP 样本之间的关系是什么？

    A：我们将DNA 或者RNA 片段化后，在进行免疫沉淀前，需要取一部分断裂后的染色质做Input 对照（不进行免疫沉淀过程）。Input 是断裂后的基因组DNA 或者RNA，需要与沉淀后的样品DNA/RNA 一起经过逆转交联，DNA/RNA 纯化，以及最后的PCR 或其他方法检测。通过后续数据分析，我们可以通过Input 对照排除背景噪音（排除因本底表达水平高或一些非特异性结合所造成的假阳性peaks），验证染色质断裂的效果和整个实验的IP 效果，所以Input 对照是IP-seq 实验必不可少的步骤。

5. Q：阳性对照和阴性对照是什么？

    A：阳性对照一般用anti-RNA polymerase II 抗体，因为RNA polymerase II 是通用转录因子，在所有细胞中都能结合基因的核心启动子区，因此理论上，ChIP 后PCR 会有条带。一般阳性对照不进行测序，阴性对照分为mock和Input两种，二者均能起到减少假阳性的作用。mock：用普通IgG为抗体，理论上不会ChIP 下来任何DNA 片段，因此作为阴性对照，但是由于非特异性结合，或者实验过程，没发生结合的DNA 洗涤不完全，可能会出现条带，但是一般条带亮度较弱。IgG 不需要进行测序，只是判断IP 试验中所选取的抗体是否特异。

RAD-Seq

基于酶切的简化基因组测序（RAD-Seq，Restriction-site Associated DNA Sequence）是对与限制性核酸内切酶识别位点相关的DNA进行高通量测序，可大幅降低基因组的复杂度，降低建库和测序成本，操作简便，同时不受参考基因组的限制，可快速鉴定出高密度的SNP位点，实现遗传进化分析及重要性状候选基因的预测。RAD-Seq尤其适合于大样本量的研究，可以为利用全基因组重测序技术做深度信息挖掘奠定坚实的基础。与传统芯片分型技术相比，RAD-Seq可以检测基因组上未知变异点中新的SNP，发掘新的和稀有的变异。RAD-Seq技术可广泛应用于变异检测、遗传图谱构建、功能基因挖掘、群体进化等研究，具有重大的科研和产业价值。

基于RAD-Seq的变异检测，利用RAD-Seq对某一物种个体或群体的基因组进行测序及差异分析，可获得SNP、InDel等大量的遗传多态性信息，建立遗传多态性数据库，为后续揭示进化关系、功能基因挖掘等提供理论基础。

基于RAD-Seq的遗传图谱的构建，对酶切获得的RAD tag进行高通量测序，可以获得RAD tag上的SNP。可广泛应用于遗传图谱的构建，从而为后续的QTL定位奠定基础。

基于RAD-Seq的群体进化分析，对物种的各亚种进行RAD测序获得基因组信息，通过与RAD tag组装出的参考序列或参考基因组序列进行比对，获得大量高准确性的SNP变异信息，以进化群体遗传学分析。

技术路线

技术流程

技术参数

样品要求

一、变异检测：

1. DNA样品量≥ 3 ug；

2. EcoRI（GAATTC）酶切；

3. 推荐测序深度≥ 1X/个（组装样本的测序深度≥ 5X）。

二、遗传图谱：

1. DNA样品量≥ 3 ug；

2. 测序深度：亲本2-5X，子代0.8X/个（F1、F2等临时性群体），0.6X/个（RIL、DH等永久性群体）；

3. 适用范围：单倍体或者二倍体物种，所有作图群体（F1、F2；RIL、DH等），群体大小在100个以上。

三、群体进化：

1. DNA样品量≥ 3 ug；

2. 测序深度：≥ 1X/个（组装样本的测序深度5X）

3. 适用范围：单倍体或者二倍体物种中不同亚群，各亚群间划分明显，同一亚群内的个体有一定代表性，每个亚群选取10个样本左右（动物≥ 10个，植物≥ 15个），总体不少于30个样本。

四、样品细则：

1. DNA样品：请提供浓度＞100 ng/μl，总量＞3μg的DNA，OD 260/280在1.8~2.0之间，并确保DNA无降解，电泳检测无明显RNA条带，基因组条带清晰、完整，主带应在100kb以上。若样品中有多糖、糖蛋白的残留，对打断DNA样品带来非常大的困难，且很难去除，因此特别要求所提供的样品不要有多糖或糖蛋白污染。

2. 植物样品：选取植物幼嫩组织，每个样品重量＞500 mg，干冰或者液氮保存寄送。

3. 动物样品：要求新鲜动物组织，避免脂肪组织，每个样品重量＞50 mg。对于一般物种应挑选肝脏、肾脏、血液等组织取样，对于珍贵物种请提供耳样、毛发（带毛根）等脂肪含量较少的组织进行取样。为了减少个体差异对后续拼接产生的影响，尽量从同一个个体中取样。若物种体积较小，从一个个体中提取的DNA量不能满足测序实验所需，在保证量的前提下，应尽量减少采样个体的数量。提供组织样品应＞50 mg，尽量提供较多量，不同的物种DNA提取产量有差异。

4. 样品运输：送样管务必标清样品编号，管口使用Parafilm膜密封，样品请用干冰或者冰袋运输。干冰运输时间不要超过72小时；冰袋运输，时间最好不要超过24小时。样品保存期间切忌反复冻融。

常见问答

1. Q：高密度SNPs标记开发时要考虑哪些因素？

A：高密度SNPs标记开发的基本条件和设计理念是所获得的片段尽量在基因组上分布均匀，通过测定少量代表全基因组信息的序列获得成千上万个SNPs标记。首先要利用生物信息学方法对目标物种参考基因组（或已知BAC序列）进行系统分析，根据基因组GC含量、重复序列情况和基因特点等信息，选择相应的限制性酶以及测序文库类型，以保证分子标记的密度、均匀性、效率满足遗传分析和分子育种的需要。

2. Q：RAD-seq的适用范围？

A：可用于鉴定任何物种（有无参考基因组数据均可）的遗传图谱、多态（亲缘地理分析）、关联、QTL定位等分析。RAD-Seq技术可广泛应用于变异检测、遗传图谱构建、功能基因挖掘、群体进化等研究。

3. Q：用RAD-seq研究群体进化的优势是什么？

A：一般情况下，群体进化研究涉及较大的样本量，RAD-seq可大幅降低基因组的复杂度，降低建库和测序成本，操作简便。另外，它不受参考基因组的限制，研究物种范围更广泛。RAD-Seq尤其适合于大样本量的研究，可以为利用全基因组重测序技术做深度信息挖掘奠定坚实的基础。

4. Q：有参和无参的区别是什么？

A：对于发现突变信息而言，有参考基因组进行序列比对和变异检测的效率和准确率更高。而且，可以定位受选择的基因，研究群体的连锁不平衡现象。

动植物重测序

全基因组重测序是对已知基因组序列的物种进行不同个体的基因组测序，并在此基础上对个体或群体进行差异性分析。将不同梯度插入片段（Insert-Size）的测序文库结合短序列（Short-Reads）、双末端（Paired-End）进行测序，通过序列比对，可以找到大量的单核苷酸多态性位点（SNP），插入缺失位点（InDel，Insertion/Deletion）、结构变异位点（SV，Structure Variation）和拷贝数变异位点（CNV，copy number variation)。可以协助客户，通过生物信息手段，分析不同个体基因组间的结构差异，同时完成注释，实现遗传进化分析及重要性状候选基因预测。

技术路线

技术参数

样品要求

1. DNA样品：请提供浓度＞20 ng/μl，总量＞1 μg的DNA（单次建库50 ng），OD 260/280在1.8~2.0之间，并确保DNA无降解，电泳检测无明显RNA条带，基因组条带清晰、完整，主带应在100 kb以上。若样品中有多糖、糖蛋白的残留，对打断DNA样品带来非常大的困难，且很难去除，因此特别要求所提供的样品不要有多糖或糖蛋白污染。

2. 植物样品：选取植物幼嫩组织，每个样品重量＞500 mg，干冰或液氮保存寄送。
3. 动物样品：要求新鲜动物组织，避免脂肪组织，每个样品重量＞50 mg。对于一般物种应挑选肝脏、肾脏、血液等组织取样，对于珍贵物种请提供耳样、毛发（带毛根）等脂肪含量较少的组织进行取样。为了减少个体差异对后续拼接产生的影响，尽量从同一个个体中取样。若物种体积较小，从一个个体中提取的DNA量不能满足测序实验所需，在保证量的前提下，应尽量减少采样个体的数量。提供组织样品应＞50 mg，尽量提供较多量，不同的物种DNA提取产量有差异。

4. 样品运输：送样管务必标清样品编号，管口使用Parafilm膜密封，样品请用干冰或者冰袋运输。干冰运输时间不要超过48小时；冰袋运输，时间最好不要超过24小时。样品保存期间切忌反复冻融。

常见问答

1. Q：动植物全基因组重测序需要多少覆盖深度？

A：重测序的覆盖深度是由所测物种的类型及项目的具体需求决定的。例如，采用Illumina进行人类基因组重测序，如要获得绝大多数的变异信息，一般建议覆盖深度需达30×以上。

2. Q：动物基因组测序对样品取样有什么特殊要求?

A：样品提取应选用肌肉、血液等脂肪含量较少的部位，并尽量选用同一个体进行取样。如果物种体积较小，单个个体所提取的 DNA 量不足一次测序反应,在保证量的情况下，应当尽量减少物种的个数，以减少个体差异性对后续拼接的影响。样品建议采用纯合体材料。

3. Q：动植物全基因组重测序应用在哪些方面？

A：a) 变异检测：通过对已有参考基因组物种不同个体进行基因组测序及差异性分析，获得大量的遗传变异信息，并建立遗传多态性数据库，为后续功能基因挖掘提供理论基础。

b) 群体进化分析：获得各亚群的基因组信息，通过与参考基因组比对，得到大量的SNP、InDel、SV等变异信息，讨论群体遗传机构、平衡及物种形成机制等。

c）遗传图谱构建：通过计算多态性标记间的遗传连锁距离，绘制高密度的遗传图谱。通过与表型性性状进行关联性分析，利用获得的强关联性标记进行下游基因的精细定位。

CircRNA测序

       CircRNA（Circular RNAs）是一类不具有5’末端帽子和3’poly (A)尾巴，以共价键形成环状结构的非编码RNA分子。CircRNA在生物体内广泛存在，与线性RNA相比，稳定性更高，并且参与生物体内多种调控过程。CircRNA的多种特性使得circRNA在疾病研究、临床诊断以及生物的生化发育研究中具有广泛应用，现已成为RNA研究领域的新热点。

技术路线 

技术参数

样品要求

1. 总RNA：完整且无污染的RNA样品，总RNA ≥ 3 μg（单次1 ug），OD₂₆₀/OD₂₈₀在1.8~2.0之间，OD₂₆₀/OD₂₃₀ ≥ 1.8，RIN ≥ 7，28S:18S ≥ 1.5。样品切忌反复冻融，用封口膜将样品管密封，防止污染，用干冰运输到实验室。

2. 组织样品：动物、植物、微生物总量大于0.5g的新鲜样品（植物材料应尽量选取幼嫩部位）。采样后将样品立即用TRIZOL或液氮速冻，分装保存于-80℃(保存期不超过一个月)。请用干冰运输样品，各样品用封口膜将管口密封好并标记，防止出现污染。

3. 细胞样品：细胞个数≥ 1×10⁷个。先使用TRIZOL试剂进行处理样品：每0.25 mL样品(5~10×10⁶个细胞)加入0.75 mL TRIZOL试剂(可参考试剂说明书)，分装保存于-80℃(保存期不超过一个月)，用干冰运输样品，且各样品用封口膜将管口密封好并标记，防止出现污染。

常见问答

1. Q：CircRNA的特点。

    A：CircRNA是一类环状的非编码RNA，多存在于细胞质中，外显子circRNA的量约占所有非核糖体RNA的0.8%。不同细胞表达不同的circRNA，可在细胞或者组织中稳定存在，其序列高度保守。大部分circRNA为ncRNA。

2. Q：是否使用RNase R去除线性RNA各有什么优缺点？

    A：不去除线性RNA，优点在于可减少在RNase R消化过程中的实验消耗，可同时研究mRNA，lncRNA和circRNA；缺点在于只能研究部分高表达的circRNA，测序过程中所需的测序数据量较高，准确度较差；

使用RNase R去除线性RNA，其优点在于circRNA检出量高，鉴定准确度高；缺点在于消除线性RNA后，mRNA，lncRNA和circRNA表达水平将无法研究。

3. Q：无参考基因组能否做circRNA测序？

    A：CircRNA预测时，测序clean reads需要与参考基因组比对，得到准确的成环剪接位点；没有参考基因组可能由于拼接错误等造成circRNA预测不准确，从而影响分析结果的准确性。

4. Q：CircRNA测序和全转录组测序的差异。

    A：两者都可以得到circRNA序列信息。全转录组测序的研究对象是转录出来的所有RNA总和，包括mRNA，lncRNA，circRNA和microRNA。全转录组测序除可进行circRNA的标准分析和高级分析外，还可以进行不同种RNA之间的互作网络调控分析，但所获得的circRNA类型比较少。CircRNA测序只能获得circRNA的信息，但相较全转录组测序，能得到更多的circRNA类型，进而能对其类型和剪接模式有更细致深入的研究。

LncRNA测序

    长链非编码RNA（Long non-coding RNA，lncRNAs）是一类长度大于200 nt并且不编码蛋白质的RNA，广泛存在于生物体内。LncRNA参与表观遗传、转录及转录后等多水平调控，与个体的生命活动和人类疾病发生有密切联系。LncRNA测序通过高通量测序以及生物信息学分析，对样品中lncRNA及mRNA进行全面的研究，在医学、农学等领域有广泛研究。

技术路线

技术参数

样品要求

1. 总RNA：完整且无污染的RNA样品，总RNA ≥ 2 μg（单次200 ng），OD₂₆₀/OD₂₈₀在1.8~2.0之间，OD₂₆₀/OD₂₃₀ 大于1.8，RIN ≥ 7，电泳检测28S:18 S ≥ 1.5。 样品切忌反复冻融，用封口膜将样品管密封，防止污染，用干冰运输到实验室。

2. 组织样品：动物、植物、微生物总量大于300 mg的新鲜样品(植物材料应尽量选取幼嫩部位)。采样后将样品立即用TRIZOL或液氮速冻，分装保存于-80℃(保存期不超过一个月)。请用干冰运输样品，各样品用封口膜将管口密封好并标记，防止出现污染。

3. 细胞样品：细胞个数≥ 1×10⁷个。先使用TRIZOL试剂进行处理样品：每0.25 mL样品(5~10×10⁶个细胞)加入0.75 mL TRIZOL试剂(可参考TRIZOL试剂说明书)，分装保存于-80℃(保存期不超过一个月)，用干冰运输样品，且各样品用封口膜将管口密封好并标记，防止出现污染。

常见问答

1. Q：什么是LncRNA测序？

    A：LncRNA是一类长度超过200 nt的不编码蛋白质的长链RNA，可影响周边基因的表达，调控蛋白质活动和定位，能产生小分子RNA以及对其他RNA产生调控作用。LncRNA测序是研究已有参考基因组物种的特定组织或细胞在某个特定时期转录出的所有LncRNA和mRNA。

2. Q：LncRNA的建库方案是什么？

    A：主要采取的策略是ribozero kit去除rRNA，并构建链特异性文库。部分long non-coding RNA没有poly(A)，所以不能用oligo d(T)标记磁珠进行富集，故而选择ribozero kit去除rRNA。链特异性文库能在测序过程中保存RNA方向信息，从而确定转录本来自于正义链还是反义链，以便更加准确地获得基因的结构及表达信息。

3. Q：Ribozero kit去除rRNA效果受哪些因素影响？

    A：rRNA去除效果和物种rRNA与试剂盒中探针的匹配程度有很大关系，所以会根据不同的物种选择不同的ribozero kit进行rRNA的去除。若rRNA去除效果不好，则需要加大测序数据量以达到要求的clean data。

4. Q：LncRNA测序的必备条件。

    A：进行LncRNA测序的物种需要有参考基因组，并且有LncRNA注释信息。

真核mRNA测序

    真核mRNA转录组测序是借助新一代高通量测序技术，以真核细胞在某一功能状态下所能转录出的全部mRNA为研究对象，全面了解该生物样品在特定时空下基因的表达情况。此技术可用于研究基因表达、cSNP、新转录本、全新异构体、剪接位点、等位基因特异性表达和罕见转录等，在基础研究、分子育种、临床诊断和药物研发等领域已得到广泛应用。 

技术路线

技术参数

样品要求

1. 总RNA：完整且无污染的RNA样品，总RNA ≥ 1 μg （单次200 ng），浓度≥ 50 ng/uL，OD₂₆₀/OD₂₈₀在1.8-2.2之间，OD₂₆₀/OD₂₃₀在1.8-2.2之间，RIN≥ 7，28S/18S≥ 1.5。样品切忌反复冻融，用封口膜将样品管密封，防止污染，用干冰运输到实验室。

2. 组织样品：动物、植物、微生物总量大于300 mg的新鲜组织（植物材料应尽量选取幼嫩部位）。采样后将样品立即用TRIZOL或RNAlater或液氮速冻，分装保存于-80℃(保存期不超过一个月)，封口膜将管口密封，干冰运输至实验室(不超过48 h)。

3. 细胞样品：细胞个数≥ 1×10⁷个。先使用TRIZOL试剂进行处理，每0.25 mL样品(5~10×10⁶个细胞)加入0.75 mL TRIZOL试剂(可参考试剂说明书)，分装保存于-80℃(保存期不超过一个月)，封口膜将管口密封，干冰运输至实验室(不超过48 h)。

常见问答

1. Q：转录组测序与基因芯片相比有什么优势？

    A：基因芯片是用已知序列的探针和样本mRNA进行杂交来获得mRNA的序列信息，只能检测已知mRNA，无法发现新的mRNA；转录组是直接对样本mRNA进行测序，能够发现新的mRNA。转录组测序对基因表达上调或下调的检测灵敏度高得多。在有参考基因组的基础上，通过转录组测序可进行可变剪切，基因结构变异，全基因组水平基因表达丰度等诸多分析。

2. Q：RNA降解对mRNA测序有什么影响？

    A：若RNA的3’端发生降解，则无法通过3’端的poly(A)捕获mRNA，反转录不能得到全长cDNA；若5’端发生降解，通过3’端poly(A)捕获到的mRNA，其测序结果将会出现明显的3’和5’偏向性。

3. Q：RNA起始量不足对测序质量的影响。

    A：RNA起始量不足时，需要通过增加PCR循环数以获得足够的量用于后续的测序，引发duplication容易过高导致大量冗余数据产生、PCR扩增偏好性等问题。

4. Q：转录组测序需要多少数据量？
    A：转录组测序所需的数据量依据物种转录组大小的不同而有所差异。针对有参转录组，可通过分析基因组信息，统计编码基因的个数及碱基数评估转录组的大小，同时参阅相关的文献，进而确定具体数据量；针对无参转录组，则参考相近物种的转录组大小以确定数据量。

5. Q：文库准备过程中，反转录引物的选择。

    A：cDNA合成过程中，反转录引物有随机引物和oligo d (T)引物。常规情况下，选择随机引物，若有特殊要求，也可以选择 oligo d (T) 引物。 oligo d (T) 引物可以保证扩增产物包含mRNA的3’端，同时减少rRNA的影响。但oligo dT引物扩增的片段长度偏短并且扩增产物所包含的信息量偏向3’端。

公司文化

传统病理诊断平台

技术平台

        ATAC-seq 是通过使用高通量测序对转座酶可接近性核染色质区域进行分析（Assay for Transposase-Accessible Chromatin with high throughput sequencing）的一种创新表观遗传学研究技术。该技术通过转座酶对某种特定时空下开放的核染色质区域进行切割，进而获得在该特定时空下基因组中所有活跃转录的调控序列。

    真核细胞通过将基因组DNA与组蛋白进行不同层次的折叠组装成染色质，这些精密组装信息在基因转录调控中起决定性作用。染色质区域的可接近性是特异性反式作用因子和顺式调控元件相互作用的前提，基因表达的异常或者染色质调控因子的改变都将对细胞的命运产生深远的影响，进而导致各种疾病的发生、发展。目前该技术已被广泛应用于转录调控序列的鉴定。ATAC-seq技术可运用于所有真核细胞重编程的研究，在医学领域是重大疾病发病机制、药物作用机制、新药研发和生物标志物功能等研究的新一代有利工具。

技术路线

技术参数

样本要求

1. 制备至少含有1×10⁵个细胞的细胞沉淀（推荐2.0×10⁶个细胞），并在样品表上注明总细胞数量。

2. 用磷酸缓冲液（PBS）将离心细胞沉淀洗涤至少一次（推荐三次），并将细胞沉淀置于1 mL小瓶或管中。

3. 加入相应的细胞冻存液将细胞沉淀物冻存。

4. 为避免运输过程中的破碎，我们强烈建议将样品管放在一个维持器中，如一个50 mL的管子或一个带有内部支架/支架的箱子。棉絮和吸水纸可用于固定支架保持管不移动。

5. 对于细胞沉淀样品，我们建议使用1.5 mL或2 mL螺旋盖微量离心管。包装前请使用Parafilm密封每个管。

6. 请用干冰运输样品到本平台，不超过48 h。

7. 样品保存期间切忌反复冻融。

常见问答

1. Q：什么是ATAC-seq？

    A：ATAC-seq是通过高通量测序对易接近转座酶的核染色质进行分析（Aaaay for Transposase-Accessible Chromatin with high throughput sequencing）的一种方法。该方法只需要很少的细胞就能鉴定基因组中的所有活跃的调控序列，通过转座酶可优先标记和测核小体之间的DNA序列。

2. Q：ATAC-seq有哪些优势？

    A：目前在基因组范围内染色质可接近性的研究方法很多，例如MNase-seq, FAIRE-seq和DNase-seq，这些方法可以帮助我们在大量的细胞系和组织样本中鉴定出转录因子的结合位点、转录活性开始的位置、核小体和核小体修饰、增强子和绝缘子。尽管如此，目前研究染色质可接近性、核小体定位、转录因子占位或者染色质生物学“状态”高级的注释方法一般都涉及多个试验流程，操作复杂，并且需要数万个细胞作为研究部样本，样本准备过程非常繁琐，并且最终得到细胞群体的平均结果。样本量需求如此之大，使得我们没办法用这些方法研究罕见的细胞亚群。

ATAC-seq通过Tn5转座酶将测序的adapters插入到基因组上的“可接近”区域来标记调控的区域。这种转座酶可接近性染色质的研究方法(assay of transposase accessible chromatin, ATAC-seq)可以最少只利用大约500个细胞就可以快速的得到调控的多维信息，比其他方法要节省大约3到5个数量级的细胞。并且由于ATAC-seq的实验流程中没有片段选择的步骤，所以这种方法可以同时获得“开放”染色质的位置、转录因子的结合位点、核小体的调控区域和染色质状态等信息。

3. Q：ATAC-seq测序策略？

    A：我们推荐采用PE150，30M reads。

乳腺癌

1、概述

乳腺癌是中国女性发病率最高的癌症，死亡率居所有癌症的第六位，并有一定的遗传倾向。根据最新统计数据，2015年女性新发乳腺癌病例已达到26.9万。 

乳腺癌患者中，有接近10%的患者罹患乳腺癌是由遗传性突变导致的，而这些遗传性突变有50%的概率遗传给子女，其他直系亲属同样会有很高风险携带这些遗传突变。科学研究发现，BRCA1 / BRCA2基因是两个重要的抑癌基因，能够修复损伤的DNA。当BRCA1 / BRCA2发生基因突变后，很可能导致其他功能基因的突变不能及时修复，导致基因功能的缺陷，从而诱发一系列的癌症，其中最主要的就是遗传性乳腺癌及卵巢癌。BRCA1 / BRCA2 突变携带者，乳腺癌的患病风险将大幅提升，同时发病年龄也随之提前。

乳腺癌基因检测是利用高通量测序平台，基于癌症组织样本和外周血样本，检测覆盖乳腺癌常用的靶向药物相关基因和乳腺癌常规化疗药物相关基因，为患者提供个性化用药指导和新的治疗方案。

2、基因检测必要性

科学研究表明，癌症是由于人体发生了基因变异而导致的，这些基因变异后会使细胞失去正常调控功能，从而无限增殖，最终形成肿瘤。靶向药物特异性地作用于发生特定基因突变的位点，使肿瘤细胞死亡且不会杀伤肿瘤周围的正常组织细胞。目前，已获得FDA批准的乳腺癌靶向药物包括赫赛汀、依维莫司、拉帕替尼、帕博西尼等。但是，这些药物只适用于部分类型的乳腺癌患者。

利用多基因检测技术，检测和分析乳腺癌患者肿瘤组织/血液中靶向药物相关基因的突变状态，常用药物代谢和清除相关基因多态性位点和多个基因的多种变异类型，帮助患者筛选出最优的靶向药物和合理的选择化疗药物和治疗方案。

3、检测内容及用药指导

利用高通量测序技术，一次性检测与乳腺癌相关的21个基因， 通过21基因检测，观察基因之间的相互作用来判断肿瘤的特性，从而预测乳腺癌复发的概率以及接受化疗的可能获益的概率。也就是说患者可以通过基因检测知道自己的乳腺癌是否会复发，复发的概率，确定乳腺癌患者是否需要术后的化疗，以及怎样避免过度化疗。从而为乳腺癌患者确定更有效的治疗方案，实现精细的个体化治疗。

4、适用人群

v 拟采用靶向药物治疗的乳腺癌患者

v 甄别是否为遗传性乳腺癌，提供针对性治疗，同时为亲属提供重要的参考信息。